Un WikiEngine est un programme qui implémente tous les services proposés par un WikiWikiWeb. Il gère les interactions avec les utilisateurs ainsi que les différentes versions de chaque page (parfois, le travail est fait par CVS ou RCS). Pour plus de simplicité, le contenu du Wiki est rarement écrit en HTML mais en ASCII, en utilisant un système de tags très simple. Le WikiEngine sait interpréter ces tags et générer du HTML au vol. Malheureusement il n'existe pas de langage wiki universel, et chaque WikiEngine ne sait guère interpréter que son propre système de tags.

La page WikiEngines contient de très nombreuses informations concernant les différents WikiEngines en usage de nos jours.